بنیاد زاکربرگ به تحقیقات ایتالیایی با بودجه موقت برای دو دانشمند از دانشگاه پادوآ برای پیشبرد بیوانفورماتیک آینده “پاداش” می دهد. حدود 400000 دلار برای “به روز رسانی” Bioconductor، یکی از نرم افزارهای منبع باز که معمولاً توسط جامعه علمی برای درک و تجزیه و تحلیل داده های ژنومی، مانند DNA یا RNA استفاده می شود. این هدف از بودجه ارائه شده توسط Chan Zuckerberg Initiative به ایتالیایی‌های Davide Risso و Gabriele Sales از دانشگاه ایتالیا و Levi Waldron از دانشگاه شهر نیویورک است.
ریسو به ANSA گفت: “هدف اصلی به روز نگه داشتن Bioconductor است، پروژه ای بسیار مهم برای کل جامعه علمی که با بیوانفورماتیک، مانند توالی یابی DNA یا RNA سر و کار دارد.” وقتی در مورد فناوری‌های مرزی صحبت می‌کنیم، زمان نوآوری بسیار سریع است و چیزی که تا همین اواخر یک مرز بود ممکن است ناگهان مجبور شود آن را تعقیب کند تا منسوخ نشود: این به نوعی در عرض چند سال با یکی از ابزارهای اصلی بیوانفورماتیک اتفاق می‌افتد. ، نرم افزار متن باز Bioconductor.
توسعه سریع اخیر هوش مصنوعی یک نوع “قدیمی” از فناوری رایانه‌ای، کارت‌های GPU را به منصه ظهور رسانده است، که در ابتدا در دنیای گرافیک و بازی‌های ویدئویی ایجاد شده‌اند، اما در طول زمان ثابت شده‌اند که برای انجام انواع دیگر مفید هستند. محاسبات، یعنی است. برای الگوریتم های یادگیری عمیق و توسعه مدل ها در زبان های بزرگ مانند ChatGpt مورد نیاز است. رایانه‌های مبتنی بر GPU قابلیت‌های باورنکردنی را در برخی از انواع پردازش، به عنوان مثال برای هوش مصنوعی، نشان داده‌اند و اکنون بیوانفورماتیک نیز به این نوع ماشین روی آورده است.
اما برای ایجاد این دگرگونی، ما همچنین نیاز به بازنگری اساسی در همه نرم افزارهای توسعه یافته تا کنون داریم. “Bioconductor پلت فرمی است که برای بیش از 20 سال توسط جامعه علمی ما استفاده می شود، که به طور مداوم در حال توسعه “بسته های” جدید است. Riso توضیح داد که برنامه های افزودنی برای حل انواع خاصی از تجزیه و تحلیل، اما امروزه یک تغییر پارادایم توسط پردازنده های گرافیکی ایجاد شده است. وی افزود: مدتی است که بسته های بیشتری برای این نوع معماری طراحی شده است. برای ادامه، ما باید هزاران بسته کد نوشته شده را به طور کامل اصلاح کنیم و آنها را برای اجرا بر روی رایانه های مبتنی بر GPU مناسب کنیم. ریسو افزود: «به عنوان مثال، ما می‌توانیم از تجزیه و تحلیل‌های به اصطلاح ژنوم تک سلولی که امروزه به چندین ساعت زمان نیاز دارد، به نتایج به‌دست‌آمده در چند دقیقه برسیم.
دقیقاً به این دلیل که پروژه Bioconductor به عنوان نقطه عطفی در بیوانفورماتیک در نظر گرفته می شود، اکنون “این بودجه – به علاوه فروش – به ما کمک می کند تا زیرساخت های خود را در آینده ثابت کنیم و به محققان زیست پزشکی اجازه می دهد تا از برنامه نویسی GPU به روشی مقرون به صرفه تر استفاده کنند.” کمک 400000 دلاری از Chan Zuckerberg Initiative، سازمان بشردوستانه بنیانگذار فیس بوک زاکربرگ و همسرش پریسیلا چان، که از توسعه پروژه های علمی طراحی شده برای “ساخت آینده ای فراگیرتر” حمایت می کند.
تکثیر محفوظ است © Copyright ANSA